BIOINFORMÁTICA

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indigo
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Re: sobre la sostenibilidad de la caza

Mensaje por indigo »

pvaldes escribió:Tienes una linea que sólo pone "the left", igual debería estar comentada

y esta línea tiene un salto de página por medio que no debería estar:

[i,j,s] <- z[nb[i,1],j,s] + z[nb[i,2],j,s] -
z[nb[i,1],j,s]*z[nb[i,2],j,s]

> [i,j,s] <- z[nb[i,1],j,s] + z[nb[i,2],j,s] - z[nb[i,1],j,s]*z[nb[i,2],j,s]
Acabo de ver tu edicion, que no la vi antes... por ahí va una de la mandanga... basicamente es una compensacion de la autocorrelacion espacial para que no se fuerze (son especies muy "patchys". Del sumatorio, el primer termino es la presencia en la cuadricula anterior, el segundo termino es la presencia en la cuadricula posterior, y el tercer termino es la compensacion, basicamente:
si solo esta presente una especie en la cuadricula anterior:
1 + 0 - 1*0 = 1
Si solo en la posterior:
0 + 1 - 0*1 = 1
Si esta en las dos:
1 + 1 - 1*1 = 1
Y si no esta en ninguna:
0 + 0 - 0*0 = 0
Asi balanceo la autocorrelacion sin que se me vaya de las manos y me acabe sobre estimando la distribucion a escala local, ya que considero que el que este en una cuadricula vecina si puede influenciar, pero no que lo esté en las dos vecinas, osea, no más que si solo lo esta en una. Son especies con una distribucion muy parcheada sobre la costa, asi que solo me afectan dos... no 8 como si fuera en mitad de un ambiente homogeneo
Y estas cosas a jags no le molan y se vuelve loco por lo que veo, y sus mensajes de error son criminales (no es que openbugs sea mejor en eso, pero al menos lo tengo corriendo en winbugs y algo mejor si se porta... a la hora de decirte donde esta el problema, pero como ya lo he usado antes en Bugs... digo yo que listo)
salut friky 8)

pvaldes
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Re: sobre la sostenibilidad de la caza

Mensaje por pvaldes »

mmmh... no me gusta el nombre que le estás dando a la variable. De entrada una variable no debería empezar por el caracter especial "[". Si tratas de escribir algo como "[bla] <- 1" en R dará un error. Y si tratas de escribir "[a]" <- 1 el uno será descartado silenciosamente. Además estás asociando un número único a una variable llamada [i,j,s], que es similar al modo de asignar "rodajas" de una dataframe y sugiere un punto tridimensional. Yo cambiaría eso para asegurarme de que el programa no está tratando de darle un sentido a algo que no lo tiene. Llámalo "paco" y a ver que pasa.

sobre R-lento:
Compila tu código R a bytecode binario. Puede que sólo experimentes una leve mejoría en la velocidad porque muchas de las funciones subyacentes de R están escritas en C o directamente invocan al especialista adecuado, o pueden... digamos "incrustarse" con codigo C o Fortran así que las funciones principales están ya optimizadas para que vayan a toda pastilla y hay poco que se pueda mejorar ahí. En otros casos será más rápido y en unos pocos casos mucho más rápido.

El problema real de la velocidad son los objetos en memoria que hay que cargar. Si no necesitas toda la dataframe elimina una vez que ya hayas extraído de ella las columnas que desees rm(mi.readtable), rm(objeto.que.ya.no.uso), eso dejará espacio libre para ir algo más rápido

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indigo
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Re: BIOINFORMÁTICA

Mensaje por indigo »

Asi que no lo encontraba, lo h an movido 8)

El nombre estaba bien, lo que pasa es que al borrar todos los coments por lineas debi borrar partes no deseadas. Al final el test ha ido bien y ya lo he puesto a correr con todo, toca esperar una semanita y ya veremos que escupe :lol: :lol:

La velocidad y R segun... hay funciones (vamos, codigo que dificilmente podria hacer en ellas cualquier cosa que no fuese joderlas, como algunos optimizadores) que... hacen el ridiculo comparandolo con matlab o c++. Siempre digo que si volviera a hace 15 años hubiera aprendido c++ :lol:

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