BIOINFORMÁTICA

Foro sobre el que debatir, todos los temas relacionados sobre ecología, agricultura,medioambiente, Energías renovables y respetuosas con el medioambiente, catástrofes naturales vertidos,etc...

Moderadores: Nahuel, Toñe, alvalufer

pvaldes
Mensajes: 2444
Registrado: Sab Mar 21, 2009 5:45 pm
Contactar:

BIOINFORMÁTICA

Mensaje por pvaldes »

EL CASO DE AARON SWARTZ & JSTOR

Defendiendo con uñas y dientes una ciencia cerrada y sólo para los que puedan pagar.


Como todos sabéis JSTOR es una empresa que almacena artículos científicos en la red y permite su visión previo pago.

En 2011 Aaron Swartz, programador y activista de internet, ofendido por el hecho de que JSTOR estuviera cobrando por el acceso a los articulos científicos, sin pagar un dolar a sus verdaderos autores, y a la vez impidiendo el acceso de los ciudadanos a material académico cuya creación se había sufragado con sus propios impuestos, decidió descargar cuanto material estuviera acesible en JSTOR y hacerlo público en las redes torrent. Su objetivo no era lucrarse con ello, sino facilitar el acceso a los descubrimientos científicos a todo el mundo, tuvieran o no dinero.

Al parecer no rompió nada ni borró nada en la web original para ello, cualquiera podría haber descargado ese material sin restricciones, él simplemente escribió algunos programas cortos de python que iban picando a cada una de las puertas y si estaba abierta anotaba el enlace y lo descargaba. JSTOR tenía algunas puertas abiertas y el resultado fué que acabó descargándose 4 millones de articulos académicos.

Aaron Swartz no era un desconocido cuando hizo eso, ha desarrollado algunos programas gratuitos que hoy usan bastantes personas. Puede que
hayáis visto alguna vez éste símbolo en la red. http://www2.macleans.ca/wp-content/uplo ... s-icon.jpg. El fue uno de los creadores iniciales del formato, a los 14 añitos. Igualmente se ha expresado públicamente en contra de leyes como la SOPA (equivalente a la ley sinde española) y a favor de las libertades civiles y la no excesiva intromisión de los gobiernos en internet.

JSTOR declinó perseguir a este chico por el tema, probablemente para evitar una mala publicidad y que la gente se hiciera algunas preguntas, pero el MIT (en cuyas instalaciones se produjo el hecho) sí lo denunció, y el gobierno tampoco tenía la menor intención de soltar ese hueso, quizás viendo que podía rentabilizar el caso políticamente y hacer méritos. El FBI le cargó con 4 cargos de felonía que luego amplió a 13 y le amenazó con nada menos que 35 años de cárcel por ello.

La presión económica (el fiscal pedía un millón de dólares por daños) y constante bulling del FBI acabó de modo inesperado cuando el 11 de enero de 2013 éste chico no pudo más y se colgó en su habitación semanas antes del juicio.

Un peligroso criminal liquidado y un bocazas convenientemente acallado. Otro punto para la justicia.

Hoy los internautas furiosos piden la cabeza de la mujer que impulsó todo el proyecto de acoso y derribo a conciencia y algunos científicos han empezado a subir sus propios trabajos científicos a la red como homenaje.

lucia
Mensajes: 611
Registrado: Sab Abr 03, 2010 1:21 pm
Contactar:

Re: El caso de Aaron Swartz y JSTOR

Mensaje por lucia »

Hola a tod@s, no termino de entender esto, ¿alguna concrecion más sobre el asunto?

pvaldes
Mensajes: 2444
Registrado: Sab Mar 21, 2009 5:45 pm
Contactar:

Re: El caso de Aaron Swartz y JSTOR

Mensaje por pvaldes »

Digamos que está habiendo un debate a cara de perro sobre la ciencia abierta o cerrada en algunas partes de la red, a raiz del acoso por el gobierno estadounidense de un hacker y activista en internet hasta su suicidio.

Y por tanto nos afecta,

directamente porque se está debatiendo el tipo de modelo de ciencia que queremos tener (conocimiento accesible a todos o sólo para las élites que se lo puedan pagar) y es un debate importante. Si se nos pasa es posible que no surjan muchas mas oportunidades.

En segundo lugar porque estáis quejándoos aquí todo el día que no se den datos aquí sobre el lince y este chico luchaba precisamente por el acceso gratuito de los ciudadanos a la información gubernamental de dominio público.
Usando la imaginación consiguió poner en evidencia a algunas personas que retenían esa información salvo que el ciudadano pagara, lo que era a todas luces ilegal, y le granjeó fuertes enemigos. Eso explica probablemente la virulencia del acoso posterior.

E indirectamente porque la gente está exigiendo que cese la mala costumbre de los fiscales americanos de denegar el derecho a la defensa enterrando a la víctima en multas y peticiones desorbitadas de cárcel a menos que se rinda y se declare culpable (aunque no lo sea). Todo esto ANTES del juicio.

Si esto ocurre en Estados Unidos veremos que ocurre en los otros países. Recordemos que España se está deslizando hacia esas modas y acaba de adoptar esas prácticas de evitar los juicios asfixiando económicamente al acusado. A este chico por intentar mejorar el acceso al conocimiento, sin daños a personas, y a pesar de que los propios afectados del hackeo declinaron acusarle le pedían más años de cárcel que a un asesino y un millón de dólares (que obviamente no tenía). Estos abusos, (igual que los vistos en los últimos dos años con bastantes científicos cuya carrera han arruinado al ser despellejados en los periódicos acusados de todo tipo de cosas, sin que luego ni siquiera se presentaran pruebas ni se celebre juicio) empiezan a ser alarmantemente habituales y no deberían ser pasados por alto.


Puede que no sirva de mucho, pero de momento decenas de artículos científicos que estaban calificados como de acceso público y producidos por fondos públicos pero estaban incomprensiblemente bajo una estructura de pago por descarga, están disponibles hoy para descargar gratuitamente y de un modo legal. Incluidos probablemente artículos sobre el lince, oso o lobo, que antes eran difíciles de pillar

lucia
Mensajes: 611
Registrado: Sab Abr 03, 2010 1:21 pm
Contactar:

Re: El caso de Aaron Swartz y JSTOR

Mensaje por lucia »

Ok, simplemente era desconocimiento del tema, a este pobre chico le extorsionarian para llegar a ese extremo, como esta el mundo, todo por la pasta, hasta la vida :oops: bien por la lucha, bien por lo publico.

pvaldes
Mensajes: 2444
Registrado: Sab Mar 21, 2009 5:45 pm
Contactar:

Una crítica a la bioinformática

Mensaje por pvaldes »

Escrito en un irritante estilo "Risto Mejide", puede parecer que es propia de alguien simplemente resentido, pero siempre se puede aprender algo y es interesante conocer este tipo de experiencias de primera mano.

Y las bases de datos crecieron, y todo el mundo anotó sus datos obtenidos mediante la búsqueda de las bases de datos, y luego los presentaron a su vez. Nadie parece haber señalado que esto hace de su base de datos un reflejo de su base de datos, no un reflejo de la realidad. Escriba una anotación en GenBank hoy y en no mucho tiempo es probable que esté completamente equivocada...

Cualquier cosa tan inútil rápidamente debe marchitarse y morir, ¿verdad? Bueno, intencionalmente o no, la bioinformática ha encontrado una manera de sobrevivir: la ofuscación. Al hacer inservibles las herramientas, con la invención de formato de archivo después de formato de archivo, por la búsqueda de las técnicas más frágiles y los lenguajes informáticos más lentos, por no publicar sus algoritmos y hacer que sus resultados fueran imposibles de replicar, el campo logró reducir su productividad en al menos 90 %, probablemente más cercano a 99%. Así, la cadena de fallos se estira de años a décadas atrás, oculta bajo el manto de la incompetencia.

Una despedida a la bioinformática, Fred Ross
http://madhadron.com/?p=263

Enfín, ahí lo dejo, es cierto que la multiplicación de los formatos es un dolor... mientras algunos hablamos de número de horas pateando monte, los problemas de otros son totalmente distintos, eficiencia, mejor uso de la memoria, traducción de un formato a otro. No suele hablarse mucho de los posibles beneficios (y riesgos) de la transversalidad, y en general tengo la sensación de que hay pocos zoologos latinos que atraviesen y se den un paseo por el lado salvaje de la bio molecular.

pvaldes
Mensajes: 2444
Registrado: Sab Mar 21, 2009 5:45 pm
Contactar:

Re: sobre la sostenibilidad de la caza

Mensaje por pvaldes »

Vaya, Donald Knuth, uno de los mayores genios vivos de la informática y "tesoro nacional estadounidense", ¿mencionado en el linceiberico.com?

Ahora si que me has dejado descolocado... acabas de subir el nivelómetro hasta el tercer piso.

clap, clap, clap.

Estoy usando ahora mismo un programa creado por éste señor...
Última edición por pvaldes el Lun Oct 20, 2014 4:53 pm, editado 1 vez en total.

Avatar de Usuario
indigo
Mensajes: 390
Registrado: Dom Jun 08, 2014 3:20 pm
Contactar:

Re: sobre la sostenibilidad de la caza

Mensaje por indigo »

pvaldes escribió:Vaya, Donald Knuth, uno de los mayores genios vivos de la informática y "tesoro nacional estadounidense", ¿mencionado en el linceiberico.com?

Ahora si que me has dejado descolocado... acabas de subir el nivelómetro hasta el tercer piso.

clap, clap, clap.

Estoy usando ahora mismo un programa creado por éste señor...
Yo ando usando un programa de St. IGNUcius :lol: :lol: (manejo R desde emacs 8) )

Lo triste es que cuando muera Knuth no habra ni la milesima parte del revuelo que hubo con la muerte del señor de la manzana mordida pagada a precio de caviar. De hecho, todos sabiamos quien era el señor de la manzana, el tal Jobs ese, pero muy poca gente quien es Knuth o Stallman...

pvaldes
Mensajes: 2444
Registrado: Sab Mar 21, 2009 5:45 pm
Contactar:

Re: sobre la sostenibilidad de la caza

Mensaje por pvaldes »

(mientras tanto en la pvaldescueva...)

grado3 <-lm(y~x+I(x^2) + I(x^3)); summary(grado3);
R2: 0.03
message("tu ajuste lineal es una mierda, ha-haaa")


mecaguentoo <- function (formula, data, subset, weights, na.action, method = "qr", model = TRUE, x = FALSE, y = FALSE, qr = TRUE, singular.ok = TRUE, contrasts = NULL, offset, ...) {
ret.x <- x; ret.y <- y; cl <- match.call()
mf <- match.call(expand.dots = FALSE)
m <- match(c("formula", "data", "subset", "weights", "na.action", "offset"), names(mf), 0L)
mf <- mf[c(1L, m)]
mf$drop.unused.levels <- TRUE
mf[[1L]] <- quote(stats::model.frame)
mf <- eval(mf, parent.frame())
if (method == "model.frame") return(mf)
else if (method != "qr")
warning(gettextf("method = '%s' no esta soportado. Usando 'qr'", method), domain = NA)
mt <- attr(mf, "terms")
y <- model.response(mf, "numeric"); w <- as.vector(model.weights(mf))
if (!is.null(w) && !is.numeric(w))
stop("'weights' debe de ser un vector numerico so animal")
offset <- as.vector(model.offset(mf))
if (!is.null(offset)) {
if (length(offset) != NROW(y))
stop(gettextf("el numero de offsets es %d, debe igualar a %d (número de observaciones)",
length(offset), NROW(y)), domain = NA)
}
if (is.empty.model(mt)) { x <- NULL; z <- list(coefficients = if (is.matrix(y)) matrix(, 0, 3) else numeric(), residuals = y, fitted.values = 0 *
y, weights = w, rank = 0L, df.residual = if (!is.null(w)) sum(w != 0) else if (is.matrix(y)) nrow(y) else length(y))
if (!is.null(offset)) {
z$fitted.values <- offset; z$residuals <- y - offset
}
}
else {
x <- model.matrix(mt, mf, contrasts); z <- if (is.null(w))
lm.fit(x, y, offset = offset, singular.ok = singular.ok,
...)
else lm.wfit(x, y, w, offset = offset, singular.ok = singular.ok,
...)
}
class(z) <- c(if (is.matrix(y)) "mlm", "lm")
z$na.action <- attr(mf, "na.action")
z$offset <- offset; z$contrasts <- attr(x, "contrasts"); z$xlevels <- .getXlevels(mt, mf); z$call <- cl; z$terms <- mt
if (model)
z$model <- mf
if (ret.x)
z$x <- x
if (ret.y)
z$y <- y
if (!qr)
z$qr <- NULL
z
}
Última edición por pvaldes el Lun Oct 20, 2014 7:07 pm, editado 1 vez en total.

pvaldes
Mensajes: 2444
Registrado: Sab Mar 21, 2009 5:45 pm
Contactar:

Re: sobre la sostenibilidad de la caza

Mensaje por pvaldes »

Reconozco que hay piezas de código a las que un cazador debería pegarle un tiro para que dejen de sufrir... sería un servicio público

Avatar de Usuario
indigo
Mensajes: 390
Registrado: Dom Jun 08, 2014 3:20 pm
Contactar:

Re: sobre la sostenibilidad de la caza

Mensaje por indigo »

:lol: :lol: :lol:

Yo tengo un bug en una pieza de pseudocodigo para jags, asi que... :cry: :cry:

Código: Seleccionar todo

for(j in 1:N.occ){
for(s in 1:7){
theta[j,s] ~ dunif(0,1)
}
}

for(s in 1:7){ 
alpha[s] ~ dnorm(0, 0.1519691) 
logit(U(0,1))
}

for(i in 1:N.sites){
for(s in 1:7){ 
Psi[i,s] <- Psi.grid[PCd[i,1], PCd[i,2], s] 
}
}
# Penalizing second differences in logit(Psi.grid)
for(i in 2:(N.PC-1)){
for(j in 2:(N.PC-1)){
for(s in 1:7){
diff.PC1[i-1,j-1,s] <- 2*a[i,j,s] - a[i-1,j,s] - a[i+1,j,s]
diff.PC2[i-1,j-1,s] <- 2*a[i,j,s] - a[i,j-1,s] - a[i,j+1,s]
zero.PC1[i-1,j-1,s] <- 0 
zero.PC2[i-1,j-1,s] <- 0
zero.PC1[i-1,j-1,s] ~ dnorm(diff.PC1[i-1,j-1,s], tau.smooth[s])
zero.PC2[i-1,j-1,s] ~ dnorm(diff.PC2[i-1,j-1,s], tau.smooth[s])
}
}
}
for(s in 1:7){
tau.smooth[s] <- 25 
}

for(j in 1:N.occ){
for(s in 1:7){ 
n[1,j,s] <- 1
for(i in 2:N.sites){

n[i,j,s] <- z[nb[i],j,s] 
the left
}
}
39}
for(j in 1:N.occ){
for(i in 1:N.sites){
for(s in 1:7){

[i,j,s] <- z[nb[i,1],j,s] + z[nb[i,2],j,s] -
z[nb[i,1],j,s]*z[nb[i,2],j,s] 
Psi[i,s]*theta[j,s]*exp(n[i,j,s]*alpha[s]) - Psi[i,s]*theta[j,s])
psi[i,j,s] <- Psi[i,s]*theta[j,s]*exp(n[i,j,s]*alpha[s])/(1 +
Psi[i,s]*theta[j,s]*exp(n[i,j,s]*alpha[s]) - Psi[i,s]*theta[j,s])
z[i,j,s] ~ dbern(psi[i,j,s]) 
}
}
}
for(j in 1:N.occ){
for(s in 1:7){
glob.psi[j,s] <- mean(z[1:N.sites,j,s])
}
}


Bueno, parece que el problema es del programa jags, no de mi codigo, probando el codigo en otro soft y esperando ya hasta mañana a ver que escupe 8)

Avatar de Usuario
targui
Mensajes: 2802
Registrado: Vie Sep 05, 2008 4:34 pm
Contactar:

Re: sobre la sostenibilidad de la caza

Mensaje por targui »

Me suena a cuando estudiaba informática y programaba con FORTRAN 90........vaya coñazo de asignatura.... siempre he odiado la informática.

pvaldes
Mensajes: 2444
Registrado: Sab Mar 21, 2009 5:45 pm
Contactar:

Re: sobre la sostenibilidad de la caza

Mensaje por pvaldes »

Tienes una linea que sólo pone "the left", igual debería estar comentada

y esta línea tiene un salto de página por medio que no debería estar:

[i,j,s] <- z[nb[i,1],j,s] + z[nb[i,2],j,s] -
z[nb[i,1],j,s]*z[nb[i,2],j,s]

> [i,j,s] <- z[nb[i,1],j,s] + z[nb[i,2],j,s] - z[nb[i,1],j,s]*z[nb[i,2],j,s]
Última edición por pvaldes el Lun Oct 20, 2014 7:47 pm, editado 1 vez en total.

Avatar de Usuario
indigo
Mensajes: 390
Registrado: Dom Jun 08, 2014 3:20 pm
Contactar:

Re: sobre la sostenibilidad de la caza

Mensaje por indigo »

pvaldes escribió:Tienes una linea que sólo pone "the left", igual debería estar comentada
Si, elimine los coments, pero alguno coleaba por las vueltas del carro al pegarlo en el foro, y ese se me pasaria. El problema es que jags se vuelve loco el solito con la autocorrelacion espacial, asi que nada, a otra plataforma que de momento esta "trabajando" duro :D

pvaldes
Mensajes: 2444
Registrado: Sab Mar 21, 2009 5:45 pm
Contactar:

Re: sobre la sostenibilidad de la caza

Mensaje por pvaldes »

R usa aún mucho Fortran por lo bajini...

Avatar de Usuario
indigo
Mensajes: 390
Registrado: Dom Jun 08, 2014 3:20 pm
Contactar:

Re: sobre la sostenibilidad de la caza

Mensaje por indigo »

ufff, si que gente lo usa a dia de hoy, pero mejor via R... como c++. Bueno, c++ si que lo manejo mas para algunos modelos cuando se necesita rapidez (R es como el caballo del malo...) pero fortran... salvo seguir paso a paso que hacer con algun algoritmo mcmc hace años, no lo he tocado.

Responder

¿Quién está conectado?

Usuarios navegando por este Foro: No hay usuarios registrados visitando el Foro y 1 invitado